Schanda Group
Biomolekulare Mechanismen durch integrierte NMR-Spektroskopie
Leben ist Bewegung. Während die inhärent dynamischen Aspekte lebender Organismen auf makroskopischer Ebene sofort mit bloßem Auge oder unter dem Mikroskop erkennbar sind, ist klar, dass es letztendlich die Bewegung der Atome innerhalb der Moleküle und ihre Wechselwirkungen miteinander sind, die lebenden Systemen zugrunde liegen.
Die Schanda-Gruppe interessiert sich insbesondere dafür, wie Biomoleküle –hauptsächlich Proteine – ihre Aufgaben erfüllen und wie ihre strukturelle Dynamik ihre Funktionen bestimmt. Diese Forschung beinhaltet mehrere Aspekte. Einerseits untersuchen sie eine Reihe spannender biologischer Fragen: Wie transportieren Proteine andere Proteine durch die Zelle, durch biologische Membranen hindurch oder in Membranen hinein? Die Gruppe entschlüsselt wie Zellen große und besonders aggregationsanfällige Polypeptide durch die Zelle transportieren und schließlich in ihre ursprüngliche Umgebung zurückfalten können. Dazu untersuchen sie wie diese Proteine – Chaperone, Rezeptoren, Translokasen – strukturiert sind, wie sie sich bewegen und interagieren. Diese Forschung zeigt beispielsweise, wie Membranproteine in Mitochondrien importiert werden oder wie Chaperone in der Größe von Megadaltons anderen Proteinen helfen, sich zu falten.
Andererseits interessiert sich die Schanda-Gruppe für grundlegendere physikalisch-chemische Aspekte der Proteindynamik. Wie steuern die Bewegungen um das aktive Zentrum eines Enzyms dessen Funktion? Wie genau bewegen sich die Seitenketten und die Hauptkette von Proteinen – in Lösung, in Kristallen und in großen Proteinkomplexen? Wie bewegen sich Proteindomänen relativ zueinander? Welchen Einfluss haben molekulare Assemblierungen zu grossen Komplexen oder Kristallen auf die Bewegung innerhalb der Proteine?
Um diese Fragen zu beantworten, setzt die Schanda-Gruppe auf Kernspinresonanzspektroskopie (NMR), kombiniert mit einer Vielzahl anderer biophysikalischer, biochemischer, in-silico und in-vivo Methoden. Die Integration dieser Methoden und die Weiterentwicklung der NMR-Methodik ist ein weiteres zentrales Forschungsinteresse der Gruppe, da sie unter anderem Methoden entwickeln, mit denen dreidimensionale Strukturen großer Proteine oder Proteinkomplexe aus einer neuartigen Kombination von NMR- Cryo-Elektronenmikroskopie-Daten gelöst werden können. Andere neue NMR-Methoden, die die Schanda-Gruppe entwickelt, ermöglichen es, detailliert zu entschlüsseln, wie sich bestimmte Teile von Proteinen bewegen und wodurch diese Bewegungen mit der Funktion verknüpft werden können.
Die Aktivitäten der Schanda-Gruppe reichen daher von der Kernspin-Dynamik und Biophysik bis zu herausfordernden biologischen Fragestellungen.
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Team
Laufende Projekte
Mitochondriale Importmaschinen | Dynamik enzymatische Gruppen | Neue NMR-Methoden zur Untersuchung der Proteindynamik | Integration von NMR mit verschiedenen strukturellen Techniken zur hochauflösenden Strukturbestimmung
Publikationen
Napoli F, Becker LM, Schanda P. 2023. Protein dynamics detected by magic-angle spinning relaxation dispersion NMR. Current Opinion in Structural Biology. 82, 102660. View
Degen M, Santos JC, Pluhackova K, Cebrero G, Ramos S, Jankevicius G, Hartenian E, Guillerm U, Mari SA, Kohl B, Müller DJ, Schanda P, Maier T, Perez C, Sieben C, Broz P, Hiller S. 2023. Structural basis of NINJ1-mediated plasma membrane rupture in cell death. Nature. 618, 1065–1071. View
Troussicot L, Vallet A, Molin M, Burmann BM, Schanda P. 2023. Disulfide-bond-induced structural frustration and dynamic disorder in a peroxiredoxin from MAS NMR. Journal of the American Chemical Society. 145(19), 10700–10711. View
Becker LM, Berbon M, Vallet A, Grelard A, Morvan E, Bardiaux B, Lichtenecker R, Ernst M, Loquet A, Schanda P. 2023. The rigid core and flexible surface of amyloid fibrils probed by Magic‐Angle Spinning NMR of aromatic residues. Angewandte Chemie International Edition. 62(19), e202219314. View
Gauto DF, Lebedenko OO, Becker LM, Ayala I, Lichtenecker R, Skrynnikov NR, Schanda P. 2023. Aromatic ring flips in differently packed ubiquitin protein crystals from MAS NMR and MD. Journal of Structural Biology: X. 7, 100079. View
ReX-Link: Paul Schanda
ORC-ID: 0000-0002-9350-7606
Publons: 1410674/paul-schanda/
Karriere
seit September 2021 – Professor, Institute of Science and Technology Austria
2017 – 2020 Head of the NMR group, Institut de Biologie Structurale (IBS), Grenoble, FR
2011 – 2021 Research team leader, IBS Grenoble
2008 – 2010 Post-doc, Dept. of Chemistry and Applied Biosciences, ETH Zürich, Switzerland.
2004 – 2007 PhD student, Univ. Joseph Fourier Grenoble (IBS), including research at Weizmann Institute (2005)
Ausgewählte Auszeichnungen
2020 Varian Young Investigator Award
2020 ICMRBS Founders’ Medal
2012 ERC StG ProtDyn2Function, 1.5 M€
2010 Young Investigator Award, French Biophysical Society
2008 Post-doc fellowship ‘ETH Fellows’, ETH Zurich (2008)
2004 Boehringer Ingelheim fellowship: competitive and prestigious PhD fellowship
Zusätzliche Informationen
Online conference about “Emerging Topics in Biomolecular Magnetic Resonance”