Tkacik Group
Informationsverarbeitung in biologischen Systemen
Wie verarbeiten Netzwerke, die aus biologischen Komponenten bestehen – Neuronen, Signalmolekülen, Genen oder sogar kooperierenden Organismen – Information? Im Gegensatz zu technischen Systemen arbeiten biologische Netzwerke unter starken Beschränkungen aufgrund von Störungen, limitierter Energie oder Spezifizität, aber sie führen trotzdem ihre Funktionen verlässlich aus. Die Tkačik Gruppe verwendet Biophysik und Informationstheorie, um die Prinzipien und Mechanismen hinter diesem bemerkenswerten Phänomen zu verstehen.
Wie können sich Zellen in einem multizellulären Organismus reproduzierbar entscheiden, welches Gewebe sie werden sollen? Wie kooperieren Neuronen in der Retina, um visuelle Information am besten als neuronales Feuer zu kodieren? Wie begrenzt die Physik auf der mikroskopischen Ebene, die diktiert, wie jedes regulatorische Molekül mit jedem anderen interagiert, die regulatorischen Netzwerke, die heute in reellen Organismen beobachtet werden und wie können solche Netzwerke entstehen? Das sind manche der Fragen, mit denen sich die Tkačik Gruppe beschäftigt. Etwa die Hälfte ihrer Zeit widmet die Gruppe daten-getriebenen Projekten, die in enger Zusammenarbeit mit ExperimentalwissenschaftlerInnen durchgeführt werden. Die andere Hälfte widmet sie rein theoretischen Projekten. Ihr Ziel ist die Entwicklung theoretischer Ideen über die Funktion biologischer Netzwerke und ihre Verbindung mit hochpräzisen Daten.
Team
Laufende Projekte
Visuelle Kodierung in der Retina | Genetische Regulation während der frühen Embryonalentwicklung | Kollektive Dynamik | Evolution der Genregulation
Publikationen
Brückner D, Tkačik G. 2024. Information content and optimization of self-organized developmental systems. PNAS. 121(23), e2322326121. View
Hledik M. 2024. Genetic information and biological optimization. Institute of Science and Technology Austria. View
Nomura K, Rella S, Merritt H, Baltussen M, Bird D, Tjuka A, Falk D. 2024. Tipping points of space debris in low earth orbit. International Journal of the Commons. 18(1). View
Nardin M, Csicsvari JL, Tkačik G, Savin C. 2023. The structure of hippocampal CA1 interactions optimizes spatial coding across experience. The Journal of Neuroscience. 43(48), 8140–8156. View
Lombardi F, Herrmann HJ, Parrino L, Plenz D, Scarpetta S, Vaudano AE, De Arcangelis L, Shriki O. 2023. Beyond pulsed inhibition: Alpha oscillations modulate attenuation and amplification of neural activity in the awake resting state. Cell Reports. 42(10), 113162. View
ReX-Link: Gasper Tkacik
Karriere
Seit 2017 Professor, Institute of Science and Technology Austria (ISTA)
2011 – 2016 Assistant Professor, Institute of Science and Technology Austria (ISTA)
2008 – 2010 Postdoc, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA
2007 Postdoc, Princeton University, USA
2007 PhD, Princeton University, USA
Ausgewählte Auszeichnungen
2023 ERC Synergy Grant
2020 Ignaz L. Lieben Award (ÖAW)
2018 HFSP Grant
2012 HFSP Grant
2003 Burroughs-Wellcome Fellowship, Princeton University
2002 Golden Sign of the University of Ljubljana